长历三年（一零三九），三井寺的明尊僧正受命为天台宗座主。山门僧众三千人到摄政藤原赖通的府第大肆喧扰诉告，不可制止。赖通让平直方守望之。山门的教圆因同意明尊为座主，结果被众僧徒捉走。天皇下敕把恶僧投狱，让教圆为座主。自此，山、寺二门的裂痕愈益扩大，寺门的沙弥不登睿山的戒坛，寺门奏请朝廷在园城寺另设戒坛。山门上奏朝廷予以拒绝。此后戒坛的事情，成为互相敌视的重要原因。从余庆任天台座主到二条天皇应保二年（一一六二）觉忠被命为座主为止，智证的门徒担任座主的共有八次，但很多是只当了二三天，最长也不过六天就辞职。白河天皇永保元年（一零八一），山、寺的僧徒相互发生争执，六月，山门的僧众乘虚闯入园城寺，放火烧寺塔僧房，被毁者达七分之一之多。九月，山门僧众再次放火把残余的堂宇烧尽。这是佛教传入以来前所未有的惨事，此时距智证寂灭后只有一九一年。到二条天皇长宽元年（一一六三）为止，园城寺遭受山门放火的大难前后达四次。…
永久元年（一一一三），因兴福寺僧凌辱了山门的只园感应院的神人，山门僧徒便奉戴神舆闯入京师，捣毁清水寺殿堂，并且请求朝廷把实觉僧都处以流刑。朝廷不敢有所主张，群臣也多畏缩不言。实觉虽然无罪，但朝廷却不得已接受了山门的请求，而拒绝了兴福寺的请愿，处实觉以流刑，并约定不给山门僧徒判罪。这样，山门的僧众才回山。兴福寺的僧众听说此事大怒，打算入京奏请二条天皇。山门僧徒也想前来与南部兴福寺僧众交锋相斗。朝野上下一时骚然。白河法皇最后派遣检非违使到宇治和西阪本，才逐渐制止南北僧众进京。此后在永万元年（1165）二条天皇去世时，兴福寺与延历寺的僧众又发生恶战，明月率山门僧人数千下山攻打清水寺，清水寺的僧人只有千余人，寡不敌众，逃散到四方。山门僧徒把清水寺的堂塔房舍全部烧毁。于是，南部兴福寺僧众准备入京把属于山门延历寺的下寺末社放火烧掉。朝野上下为之惊骇不已。朝廷遣使者前往宣谕乃止。
安元三年（一一七七），加贺的目代（地方官）藤原师经，因故与白山的僧众发生冲突。白山僧众奉戴神舆登睿山诉告。山门徒众乃奉着山王诸社的神舆入京，奏请诛杀师经，流放其父加贺守师高。朝廷派遣检非违使予以阻挡，同时把师高、师经处以流罪。因为天台座主明云嗾使山众骚扰朝廷，天皇拒绝了众人的请求，把明云判处减死一等，流放到伊豆。山门僧众听说之后大惊，埋伏大路上把明云劫走。朝廷对此也不能制止。治承二年（一一七八），睿山上发生了学僧与堂众的冲突，堂众很多人离开了阪本，招诱当地歹徒，据守在早尾坡。因学僧进攻不利，朝廷颁布院宣派畿内的军队三千余骑去讨伐堂众，结果官兵大败，学僧大多下山逃散。除了西塔禅众以外，睿山全山沉寂，禅磬之声无闻，山门的堂塔到此时已大部分荒废。