在杨氏一党被铲除后两个月，刘璋获得准确消息，李、郭退兵，而董卓短期内没有进攻汉中的计划后，他决定回师涪县。
离开之前，还有一个重要的事情要办，那就是汉中太守的人选！
汉中是益州腹地的屏障，也是刘璋攻击关中的前进基地，太守之人至关重要，必须要绝对忠心可靠、攻守兼备，还要精通政务……
考虑来考虑去，他最终排出了张辽、徐晃、张任、高顺、黄忠、魏延六人，说到忠诚，他最信任的莫过张任、高顺，可是两人功勋不足，不宜破格提升到如此重要位置；张辽新降，如果出任汉中太守一职，也会让众将有怨言发出；看来只能从徐晃、黄忠、魏延三人中挑了一人了，三人中最先被刘璋排除了却是后世鼎鼎有名的五虎上将之一的黄忠，原因是因为经过这期间的观察，刘璋发现就目前来说黄忠的能力还是有些不足的，现在他最适合的还是率军冲锋陷阵，不适合都牧一方，或许经过一段时间的历练、学习后能够成长为坐镇一方的帅才。如此一来，以魏延在后世并不好的名声来说，汉中太守一职非徐晃莫属了，徐晃可是最早投靠刘璋的人之一，能力和忠心都没有话说。可最后刘璋却选择了魏廷，用他劝服自己的话说：“虽然我不喜欢大耳，可是他看人的本事确实有一套，历史上他就将汉中交给了魏延，从而确保了汉中始终控制在他手中，从未被曹魏攻破（蜀亡时魏延早死了，自然与他无关，总不能把罪名加给一个死人吧）。而且自己对魏延可比诸葛亮对魏延好多了，诸葛亮用而不信，自己却始终信赖有加，以魏延的性格，决定不会轻易背叛的！”
最终，刘璋下令，命魏延为汉中太守，所部挟英武军全部（满宠调离英武军，随刘璋回涪县，魏延同样不再兼任英武军副将一职），张鲁、杨柏、董卓降军（张鲁、董卓降军中伤兵一并留下），计有兵马一万五千人。刘璋又将娄圭、逢纪和熟知汉中事务的阎圃留在汉中辅佐魏延；同时，刘璋也将华雄留在汉中。
因为兵马扩允了许多，刘璋对各将进行了重新任命，英武军主将由黄忠调任、副将为廖化，其中廖化兼任一营校尉，其余两营由李严、李典接任。
东州军仍以严颜为主将，以张辽为副将，所部与益州留守东州军合并，计有兵马一万九千人（东州军的整编要回到涪县后才能正式展开），麾下有高顺、关羽、华雄、张任、裴元绍等猛将。
从益州各地调拔一万人与从随民夫愿意从军的两千人编为一军，从原补充营调一千五百人加入，合编为一军，计有一万三千五百人，此军以徐晃为将军，调补充营于禁为副将，麾下有张飞、许定、梁习、管亥等将。
补充营充入新兵后，总兵力达到了一万一千人，仍以侯成为将军，以龚都为副。
如此一来，刘璋的嫡第兵马就达到了近六万人，绝对是一支不可轻视的力量，这支力量放在益州，益州如果有什么反对刘璋的声音，恐怕第二天这些反对者就会被押上刑场。
英武军、东州军参军一职撤消，戏志才等与刘璋一同回归涪县，另有安排。
而后，刘璋便率部踏上了归途。
经半月辛苦行军，刘璋回到了涪县，他回到涪县下的第一道命令就是命益州各郡县官员（汉中除外）于一个月后聚集涪县，拜谒刘焉。
刘璋挟新胜之威发布命令，虽然没有表明如果缺席将面临什么结局，却没有人假借各种名义滞留不往，只是让他们没有想到的是，他们中许多人却一去不返。
在拜谒完刘焉陵后，刘璋召益州官员议事（此时他已经被皇上或者说董卓正式任命为益州牧、镇西将军，可以名正言顺的履行州牧职权，不再如张鲁所说），根据所查得的情况，他在会上处理了一批益州官员，民怨甚大者一律斩首，家人以杨氏一党为例处置（他又得新兵七千多人，为此他将吴懿和雷桐调入了补充营，协助侯成、龚都练兵）；罪责较轻的免去本兼各职，查抄家财；当然，他也没忘记提拔一些益州官员（比发吴懿、雷铜，以及吴班、庞义、高沛、王累等人）。最后，他将自己的亲信大量的安插进了益州军、政要职，加强了自己对益州军政的掌控。
益州最重要的三个官职之中，别驾赵韪改任广汉郡太守（这人在历史上奉刘璋为益州牧有功，后来反叛刘璋而死，再世为人的刘璋对他当然不会信任，而益州别驾位高权重，自然不能交与一个不被信任之人），广汉郡乃益州治所所在，赵韪虽被撸去了别驾一职，却也勉强能够接受（他却不知道，很快广汉就不再是益州治所），治中张松改任键为郡太守（以上两上被调离了中枢，说起来刘璋还是不能做到对所有人一视同认，不受历史影响），兵曹从事黄权改任治中一职。别驾一职由荀彧接任，兵曹从事由满宠接任。命郭嘉为从事祭酒，命戏志才为军师祭酒，命荀攸为议曹从事，命陈群为功曹从事，命蔡邕为典学从事，命毛玠簿曹从事，命程昱为决曹从事，任司马朗为巴郡太守、王累为蜀郡太守……
同时为防各郡守拥兵自重，自立为王，刘璋仿后世，决定各郡军、政、法三权独立（战区情况特殊除外，比如汉中受董卓威胁极大，魏延这个太守就掌管着军、政之权，法权由逢纪掌管），法权又被拆分为“执法、都法、判法”，也就是后世“公、检、法