曹操带领的部队人数不多，但训练有素，战斗力较强。曹操又抓住黄巾军行动不便、补给困难的弱点，避免正面冲突，而采取轻骑突袭的战术，困扰黄巾军。在这种情况下，黄巾军一面向青州方向退却，一面与曹操谈判，企图动员说服曹操一道反对汉朝。青州黄巾军曾给曹操一道檄书，其中说：昔在济南，毁坏神坛，其道乃与中黄太乙同。似若知道，今更迷惑。汉行已尽，黄家当立，天之大运，非君才力所能存也。
这些话的意思是：曹操您担任济南相时，曾毁坏汉室刘家的神坛，这种做法，和黄巾军信奉的太平道是相合的；您现在不要受汉朝廷的迷惑，不要同黄巾为敌，应该与黄巾军同心合力，推翻汉朝。
曹操任职济南时，曾禁断淫祠，把汉朝诸王滥建的祠堂拆毁。黄巾军认为曹操也反对汉室，竞天真地把曹操引为“同道”，企图说服曹操同黄巾军一道作战。聪明的曹操将计就计，利用所谓“同道”关系，对于处在困境中的青州黄巾军进行诱降。
就这样，双方一面交战，一面谈判，经过几个月的酝酿，这支强大的青州农民武装终于在曹操所谓“宽待”的条件下接受收编。曹操收编的青州黄巾军30余万，另加随军男女老幼眷属100余万。曹操从中选拔精锐10余万，号为“青州兵”，成为他争夺天下的主力部队。
同时，他还学习青州黄巾军“且战且耕”的做法，把黄巾军近百余随军家眷及其携带的耕牛农具，作为基本劳动力和生产资料，设置屯田，组织生产，为军队作战提供后方供应基地。“青州兵”其精锐部分，始终保持单独编制，并且受到某种特殊待遇。其兵员的补充。也必须是从原来黄巾军屯户中解决，因此，“青州兵”带有职业兵和世袭兵的特点,“青州兵”也唯曹操是从，不再听别人的号令。
曹操一下子平复了兖州的青州黄巾军叛乱。并且坐拥了10万精锐的青州军部队，很快占据了兖州，“家底”也空前膨胀开来，曹操遂上书朝廷，鉴于清缴黄巾军叛乱有功。经过朝廷大臣们举荐封曹操为兖州牧，这兖州治所在昌邑（今山东金乡县西北40里），下辖陈留、东郡、任城、泰山、济北、山阳、济阳、东平八个郡国，大体范围在今山东西部及河南东部。 其中陈留，人口约87万，东郡（治所在濮阳）人口60万，东平，人口45万，任城，人口20万。泰山，人口44万，济北，人口23万，山阳，人口60万，济阴（治所在定陶）人口65万，总人口400万左右乃是一大郡。
曹操自此威震山东，声名远播开来，曹操占据兖州之后遂召集各路豪杰之士。广纳人才，很快便有不少名士归到帐下，兹有叔侄二人来投操：乃颍川颍阴人，姓荀。名彧，字文若，荀绲之子也；荀彧为人伟美有仪容。好熏香，久而久之身带香气。这荀彧出身颍川荀氏，荀子之后。其祖父荀淑知名当世，号为知名当世。号为神君。 荀淑有八子，号称八龙。荀淑有八子，号称八龙。荀彧的父亲荀绲曾任济南相，叔父荀爽曾任司空。荀绲忌惮宦官，于是让荀彧娶中常侍唐衡的女儿为妻。因为荀彧“少有才名，故得免于讥议” 南阳名士何颙见到荀彧后，大为惊异，称其为：“王佐才也。”
公元189（永汉元年），举孝廉，任守宫令（掌管皇帝的笔、墨、纸张等东西）。九月，董卓废少帝刘辩，立献帝刘协。十一月，董卓自为相国，赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿。荀彧弃官归家。对父老说：“颍川，四战之地也，天下有变，常为兵冲，宜亟去之，无久留。”但乡人多怀恋故土，不愿离去。时冀州牧同郡韩馥派人接荀彧，却无人相随。荀彧只得独自将宗族迁至冀州避难。到冀州后，冀州已为袁绍所得，袁绍见荀彧来，待之为上宾。荀彧弟荀谌和同郡辛评、郭图都在袁绍手下。荀彧却见袁绍“终不能成大事”
公元191（初平二年），荀彧离袁绍而投曹操。曹操见荀彧来投，大悦，说：“吾之子房也。”任荀彧为行军司马，荀彧时年二十九岁。、
其侄荀攸，字公达，颍川颍阴（今河南许昌）人。荀彧之侄，海内名士，曾拜黄门侍郎，后弃官归乡，今与其叔同投曹操，操以为行军教授。荀攸出身于士族家庭，父亲荀彝，任州从事之职。从小失去父母。荀攸十三岁的时候，他的祖父荀昙去世，过去荀昙手下一个叫张权的官吏，主动找来要求为荀昙守墓。
荀攸对叔父荀衢说：“这个人脸上的神色反常，我猜他是做了什么奸猾的事情！”荀衢趁着晚上睡觉的时候趁机盘问，果然张权是因杀了人，逃亡在外，想以守墓隐藏自身。
公元184年（中平元年），何进秉政，征海内名士荀攸等二十余人。荀攸到，拜黄门侍郎，公元190年（中平六年），董卓之乱，关东兵起，董卓迁都长安。荀攸与议郎郑泰、何颙、侍中种辑、越骑校尉伍琼等人商议说：“董卓无道，天下人都怨恨他，虽然他聚集了不少精兵，但实际上不过是一个勇夫而已。我们应该刺杀他以谢百姓，然后借皇帝的诏令来号令天下，这是像齐桓公、晋文公那样的霸王之举。”
事未成就被人发觉，收何颙、荀攸入狱，何颙忧惧自杀，荀攸言语饮食自若，恰好碰上董卓被杀而得以免罪。弃官返归，恰曹操在此广纳贤士遂前去投奔开来。
荀彧又对曹操举荐道：“某闻兖州有一