王敦性格强势，听了嗣子王应的分析，很快就拿定了主意。如今江东面临的最大危机就是聚集在荆州、湘州两地的流民叛乱，自去年春杜弢被推举为流民首领，并自封梁、益二州牧，领湘州刺史后，流民起义迅速在荆、湘两州蔓延开来。
去年四月，杜弢率起义军攻长沙。五月，荀眺弃城逃奔广州，被起义军擒获。后伪降于征南将军山简，任广汉太守，击毙率众来攻的湘州郭察，南破零陵、桂阳，东攻武昌，杀晋官吏甚众。
永嘉六年，晋荆州刺史王澄奉琅琊王之命屡攻杜弢，却均被起义军击败。无奈之下琅琊王司马睿遣心腹周顗接任荆州刺史，担负其剿灭杜弢的重任。只是让琅琊王没想到是，杜弢麾下别将王真偷袭沔阳，周颉狼狈失守，大军随即溃散，死伤无数。
周颉丢尽了琅琊王的脸面，可为了尽快镇压杜弢起义军，琅琊王不得不再次向琅琊王氏求援，随后他任命王敦为征讨都督（这也是最近王敦常不在建邺的原因）。得了琅琊王的任命后，王敦就遣武昌太守陶侃、寻阳太守周访、历阳内史甘卓诸军共同前往围剿杜弢起义军，王敦则进屯豫章为诸军后援。
“没了我王敦，我看你琅琊王拿什么来剿灭杜弢！”
王敦眼中寒光一闪，嘴角露出一丝嘲讽之色。本来王敦打算早日剿灭了杜弢返回建邺，如今听了儿子的一番话，他却又不想那么快剿灭起义军了。一回到府内，王敦立即停止往前线送粮草、军械。
本来各路进展顺利的朝廷剿灭大军，在接下来的一段时间内突然停止了攻势，而势力有所减弱的杜弢起义军趁机却又恢复了一些声势。在建邺，琅琊王得知王敦为了一己之私而罔顾剿匪大业后勃然大怒。
至此，二人之间的裂痕是越来越大，再也无法弥补。