不要说郑家水师不会放过这个机会，其他豪强列国也不会放过打击佛郎机的机会。
被打懵了的佛郎机舰队仓皇撤退，31艘战舰逃往澳门。
到达澳门时候，哥丁霍发现他的处境是空前的恶劣。
一切的粮食，供应品都缺乏，根本不能供应给他那么多士兵，还有1700余人的病兵。
更加严重的是澳门不是葡萄牙，没有那么多炮弹给他补充，现在佛郎机舰队正处在最虚弱的状态中，炮弹严重匮乏。
不说现在损失惨重根本无力再战，就算全盛时，如果没有炮弹也不可能战胜敌人。
哥丁霍派人将澳门抢劫一番后，连澳门总督马士加路都顾不上，急忙上船向东帝汶逃去。
在海面上修正了半天，将受损的船舰送回去维修，押解佛郎机战舰以及士兵去金门后，
郑成功决定不给佛郎机舰队留下生路，发出命令。“继续攻击敌舰！”
于是能站的舰队鼓起风帆全速追击逃跑的佛郎机舰队。
佛郎机舰队在前面惊恐地逃跑，郑家水师在后面穷追猛打。有几次，哥丁霍也试图调过头反击郑家水师，
可这不仅没能伤害到郑家水师，反而打乱了自己的队形。在追追打打的过程中，7艘佛郎机战舰遭到重创，沉入海底，郑家战舰却只受了轻微创伤。
佛郎机舰队提督哥丁霍见大势已去，去东帝汶无望，为了躲开郑家水师的追击，舰队向南行驶，绕过马六甲返回葡萄牙。途中，舰队不断遭到风暴的袭击，又损失了一些舰船，数千官兵因疾病、饥渴而丧命。1649年2月间，当舰队返回葡萄牙时，仅剩残破舰船22艘。
追了两天，紧追佛郎机舰队的郑成功发现自己的炮弹也快已打完了，只好下令停止追击。
至此，历时近7天的澳门大海战，以郑家水师大获全胜结束。