镶红旗有皇三子胤祉统领，正蓝旗有显亲王丹臻，镶蓝旗有康亲王杰。
正红旗则由刚刚练就两支火器营的皇四子胤禛统领。如此，整个满八旗大军，算各有归属了。
而此次征讨，依然以皇太子留京处理政务，皇八子胤禩铺政。
而康熙为了彰显对太子之信任，还特意颁谕各部院衙门，令其本章停止驰奏，凡事俱著皇太子听理。
若有重大紧要事，则可著诸大臣会同议定，启奏皇太子后施行。
又命马齐、大学士阿兰泰，佛伦等留京大臣分三班宿禁城内。并以马齐署理藩院尚事。
这份发于康熙三十五年元月的旨意，即刻使得举朝哗然。
似乎为了表明亲征的决心，次日，康熙又发了一道旨意：命费扬古为抚远大将军，孙思克为镇武将军，二人领西路诸军共五万人。
都统伊勒慎、将军舒恕、护军统领费扬古、瓦迩达、副都统顶硕岱等为参赞。
命萨布素统领东路军，共四万人。
引盛京、宁古塔、科尔沁兵沿克鲁伦河进发。
经礼部、钦天监上奏，二月初五日已酉为上吉之日，并以此日为中路军进发之时。
旨意下达，翰林院，都察院等清流聚集之地，便像是油锅之中，泼进了一瓢冷水一般。
有人忿忿然，道：“此等小寇，怎当得起皇上亲伐？朝廷不是自贬了身份？”
当然，此番言论，又立马引来亲战派反驳，道：
“兄弟所言不错。不过依弟愚见，葛尔丹其人奸诈无信，又狼顾天下。屡屡犯边，侵吞蒙古各部草场牛羊，使我蒙族百姓流离失所。
且其现驻兵之地，离我朝龙兴复之地甚近。若是被其欺入关内，只怕于民众更是一场大浩劫。
体恤民力，与民生息固然重要，然盛世首先需太平！若朝廷任由葛尔丹欺我子民，安得生息可言？
我朝立朝治本，满蒙汉三为一体，蒙古亦我血脉，怎能任由葛尔丹流欺负？”
其他一些翰林也纷纷出演附和。
只是不管众学士，何种愤然或者支持，但康熙帝此次，是下定了决心要亲斩葛尔丹首级，以震朝纲。
省得以为他大清，可是谁都能来犯上一犯的？
可以说，康熙帝想收拾葛尔丹，那是自康熙二十九年，便深深扎在他心口的一根刺，不除不得以让他安心。